Pitanje kada nastaju “Apoteke Sarajevo” ne bi trebali postavljati, jer ova organizacija predstavlja prirodan slijed razvoja apotekarske struke u Sarajevu. Možemo reći da su u Sarajevu preteča modernih apoteka evropskog tipa bili atarski dućani (atarski dućan je zapravo biljna apoteka).

Jevreji koji su doselili u Sarajevo, među prvima su donijeli taj zanat. U Muzeju grada Sarajeva nalazi se inventar posljednjeg atarskog dućana Santo Pape, koji predstavlja pravi raritet sa kulturno-historijskog aspekta. Ovaj dućan je stoljećima bio na istoj adresi: Ulica Sarači broj 6.

Austro-ugarska vlast je zatekla u Sarajevu jednu moderno uređenu apoteku koju je 1877. godine otvorio doseljeni farmaceut Eduard Pleyel. Prema vladinoj naredbi od 19. februara 1879. godine, apotekarski posao je koncesioniran i njime se od tada mogao baviti samo kvalifikovani apotekar (doktor hemije ili magistar farmacije sa diplomom jednog austro-ugarskog univerziteta). Pored Pleyelove apoteke, u Sarajevu su 1879. godine otvorene još dvije apoteke, 1885. godine četvrta, 1891. godine peta i 1894. šesta apoteka. Apoteke su u početku imale samo po jednog kvalifikovanog apotekara, a kasnije po dva ili tri. Tako je u gradu 1893. godine bilo 5, a već 1900. godine 15 apotekara. Specijalni zakon o apotekama izdat 17.10.1907. godine značio je i uređenje svih pravnih propisa s obzirom na apoteku, stručnu spremu i vaspitanje kadrova, a taj zakon je regulisao i pitanje odnosa prema srodnim profesijama koje su se bavile liječenjem. 

Ujedinjenjem jugoslovenskih zemalja u jednu državu, razvoj farmaceutske struke se popravlja, jer se otvara sve više apoteka u Sarajevu i unutrašnjosti i stvara se domaći kadar apotekara. Prema podacima iz godine 1920., u Sarajevu je bilo 9 apoteka čiji su vlasnici bili: mr. ph. Eduard Pleyel (osnovana 1879. god.), mr. ph. Jidrih Šlezinger (1893.), mr. ph. Josip Patera (1900.), mr. ph. Đorđe Besarević (1907.), mr. ph. Stefan Dobocki (1907.), mr. ph. Nikola Ivošević (1913.), mr. ph. Miho Pitarević (1919.), mr. ph. Jovan Stočević (1919.) i mr. ph. Ahmed Tatarević (1919.). 

Godine 1930. apoteka ”Skenderija” bila je jedina apoteka koja je izdavala lijekove besplatno, zbog čega je i dobila ime ”Radnik”. Nakon toga, 1945. godine, apoteka je nacionalizovana. Ova apoteka, zajedno sa apotekom ”Kod orla” je sa najdužom tradicijom u Sarajevu. 

Za vrijeme Drugog svjetskog rata, ratnim operacijama ili bombardovanjem u Sarajevu je bilo oštećeno mnogo apoteka. Zakonom o otkupu privatnih apoteka, 1949. godine, ukinute su sve koncesije za držanje privatnih apoteka koje postaju državna svojina. Apoteke su postale zdravstvene ustanove sa samostalnim finansiranjem. U njima se izrađuju lijekovi na osnovu recepata ljekara ili veterinara (magistralni lijekovi) i galenski preparati, a izdvajaju se gotovi lijekovi (specijaliteti). Apoteke moraju da drže otrove i narkotike koji su potrebni za izradu lijekova. 

U Sarajevu su postojale “Apoteke Centar” (u čijem sastavu su bile apoteke: “Stari Grad”, “Prvi maj”, “Zvijezda”, “Kozara”, “Oslobođenje”, “Sutjeska” i “Radnik”), “Apoteke Novo Sarajevo (apoteka “Prenj” i “Romanija”) i “Apoteka Ilidža”, koje se 1975. godine ujedinjuju u jednu radnu organizaciju. Važno je zabilježiti da je magistar farmacije Hamdija Filipović (1907-1992) bio dugogodišnji (više od 30 godina), veoma omiljen direktor “Apoteka Sarajevo”. Poslije njega, direktor “Apoteka” je bio mr. ph. Bakir Đinić, a zatim mr. ph. Mirsad Šabaredžović.